El sistema de combate de Atlantica Online mezcla tiempo real y combate por turnos. Al aceptar un combate el jugador se enfrentará no sólo al oponente seleccionado, sino también a sus mercenarios. Por parte del jugador, su personaje principal podrá ir acompañado de hasta 8 mercenarios en cada batalla. Además, el jugador siempre contar con amigos para realizar misiones en grupo.
La ubicación de los personajes y sus habilidades no están dispuestas al azar: los personajes en Atlantica Online se sitúan en una cuadrícula desde 3 x 3, aunque el oponente puede disponer de ejércitos mucho mayores. De su posición depende en buena medida una buena estrategia de combate. Los espadachines, por ejemplo, son más eficaces con la primera línea de los enemigos, tanto en ataque como en defensa. Los lanceros pueden afectar incluso a la segunda fila de oponentes con sus ataques y los soldados con Hachas a pesar de que no pueden afectar a la segunda línea de oponentes, si pueden dañar a tres oponentes en línea al tiempo. Los Artilleros pueden atravesar una línea de enemigos dañando una columna entera, y los cañoneros pueden afectar a 4 adversarios alrededor del objetivo principal. Si a estas habilidades primarias unimos entre 5 y 10 habilidades secundarias para cada clase, podemos concluir que Atlantica Online, lejos de ser un MMORPG por turnos clásico, es una mezcla entre acción en tiempo real, habilidad e intuición.
El turno del jugador puede ser escogido para seleccionar la estrategia de ataque, las posibles magias o incluso ofrecer una actitud defensiva. Todo consume un turno y puntos o PA. Además, existe un límite de entre 15 a 30 segundos por turno, dependiendo de la cantidad de personajes que tengas que manejar. Con cada turno nuestros personajes ganan más puntos o PA que podremos consumir; un ataque normal usa 100 puntos o PA. Dejar a tu personaje en Guardia o cambiarlo de lugar usa 50 PA. Y una magia llega a usar 150 puntos PA.
En conclusión, Atlantica Online, que se lanzará comercialmente en breve, tiene un sistema de combate único y muy completo, que unido a la preciosidad de sus escenarios localizados en todo el mundo, lo convierten en uno de los lanzamientos MMORPG más originales para 2010.